Rezervato apsaugos statusas, kai nevykdoma jokia ūkinė žmogaus veikla, nepalankus atviroms bemiškėms buveinėms ir su jomis susijusioms rūšims. Tačiau mes privalome išsaugoti kuo didesnę biologinę įvairovę ir užtikrinti retų rūšių išlikimą. Kuo įvairesnės aplinkos sąlygos, tuo daugiau rūšių gali rasti sau tinkamą gyventi plotą.Todėl projekto „Biologinės įvairovės išsaugojimo Lietuvos pelkėse“ metu parengtas ir Aplinkos ministerijos patvirtintas Čepkelių rezervato tvarkymo planas .

Pagal šį planą visa Čepkelių rezervato teritorija suskirstyta į dvi zonas. Daugiau nei 90% patenka į griežtos apsaugos zoną. Joje ir toliau visi gamtos procesai vyks be tiesioginės žmogaus įtakos. Maždaug 2% rezervato ploto (230 ha) bus vykdomi tvarkymo darbai. Jie yra būtini, siekiant išsaugoti atviras pelkių, taip pat užliejamų pievų prie Katros upės bei menkai žolėmis apaugusias smėlio buveines.

Aukštapelkėje tam tikrose vietose numatyta iškirsti pušis. Taip padidės atviros plynės. Tai tikučių (Tringa glareola), dirvinių sėjikų (Pluvialis apricaria), didžiųjų kuolingų (Numenius arquata), tetervinų (Tetrao tetrix) ir kai kurių kitų retų paukščių buveinės.

Šlapiose Katros slėnio pievose įsikūrę stulgiai (Galinago media), griežlės (Crex crex), pievinės lingės (Circus pygargus). Kai kur mėlynuoja palemonai, pražysta gegužraibės, auga retos samanos – žvilgančiosios riestūnės. Dėl šienavimo ir ganymo nutraukimo vis daugiau pakatrės pievų užželia krūmais ir šios bei kitos rūšys nyksta. Iškirtus ir pašalinus krūmus, pievas vėl šienaujant ir ganant bus atkurtos palankios sąlygos Katros slėnyje nuo seno gyvenusioms rūšims.

Sodintų pušies jaunuolynų nedidelių plotelių iškirtimas bei kirtaviečių palaikymas padidins nesusivėrusių žemyninių smiltpievių plotus. Ši buveinė svarbi atvirame smėlyje augantiems augalams (Vėjalandės šilagėlės, čiobreliai, šilokai ir kt.), daugeliui vabzdžių rūšių, kai kuriems paukščiams.