Čepkelių rezervate šiuo metu vykdomas „Biologinės įvairovės išsaugojimo Lietuvos pelkėse“ projektas.

Projekto metu dirbama trijose srityse: gamtotvarka, aplinkinių teritorijų socialinė – ekonominė plėtra bei visuomenės informavimas ir švietimas. Visa tai reikalinga išskirtinių Lietuvos pelkių (Čepkelių, Žuvinto, Viešvilės, Kamanų ir Girutiškio) ekosistemų gyvybingumo užtikrinimui. Šios pelkės yra svarbios ne tik Lietuvai. Jos įtrauktos ir į tarptautinį Ramsar konvencijos, skirtos šlapžemių apsaugai, sąrašą, bei NATURA 2000 – Europos Sąjungos saugomų teritorijų - tinklą.

Projekto metu paruoštas ir Aplinkos ministerijos patvirtintas Čepkelių valstybinio gamtinio rezervato tvarkymo planas. Jo esmė – išsaugoti atviras teritorijas, labai reikalingas kai kurių nykstančių buveinių ir rūšių išlikimui.

Taip pat rezervato direkcijoje įkurtas lankytojų centras, kurio tikslas - visuomenės informuotumo bei sąmoningumo didinimas gamtosaugos srityje.